Stowarzyszenie Piłkarskie „Zawisza” z siedzibą w Bydgoszczy zostało wpisane do właściwego rejestru 12 marca 2003 roku.
W dniu 30 czerwca 2003 r. Stowarzyszenie Piłkarskie „ZAWISZA” i WKS „ZAWISZA” podpisały porozumienie o współpracy w zakresie rozwoju piłki nożnej w Bydgoszczy. Na mocy tego porozumienia WKS „ZAWISZA” wyraził zgodę na zachowanie nazwy ZAWISZA oraz wykorzystywanie klubowego herbu, co miało pozwolić na zachowanie długoletniej tradycji, popularności i dotychczasowych osiągnięć. Nadto WKS „ZAWISZA” przekazał Stowarzyszeniu zawodników seniorów oraz zawodników kończących wiek juniora i miejsce w rozgrywkach IV ligi seniorów.
W dniu 11 marca 2005 r. Zarząd Wojskowego Klubu Sportowego „ZAWISZA” podjął uchwałę nr 16 o rozwiązaniu Sekcji Piłki Nożnej Wojskowego Klubu Sportowego „ZAWISZA” i przekazaniu jej Stowarzyszeniu Piłkarskiemu „ZAWISZA”. W tym dniu zawarto porozumienie na mocy, którego Stowarzyszenie Piłkarskie „ZAWISZA” przejęło zawodników seniorów i wszystkich grup młodzieżowych oraz miejsca w rozgrywkach. Nadto Wojskowy Klub Sportowy „ZAWISZA” wyraził zgodę na zachowanie przez Stowarzyszenie Piłkarskie nazwy „ZAWISZA” oraz wykorzystywanie klubowego herbu, co pozwalać ma na zachowanie długoletniej tradycji, popularności i dotychczasowych osiągnięć oraz historii piłki nożnej. Z drugiej strony Stowarzyszanie Piłkarskie „Zawisza” na mocy tego porozumienia przejęło cały dorobek (tradycje piłkarskie zaczynające się od 1946 roku) stając się kontynuatorem i sukcesorem historii piłki nożnej Wojskowego Klubu Sportowego „ZAWISZA” Bydgoszcz.
